Battez-les dans un jeu contenant une bataille entre extraterrestres et prédateurs
San Drad, en Californie, a été envahie par les extraterrestres, et le major Dutch Schaefer et le lieutenant Linn Kurosawa, améliorés cybernétiquement, du corps des marines coloniales des États-Unis ont été abandonnés par leurs supérieurs et sont acculés par un essaim de drones extraterrestres. Avant qu'ils ne puissent être tués, deux prédateurs apparaissent et détruisent les extraterrestres. Les Predators proposent une alliance avec les deux humains afin de stopper l'infestation extraterrestre.
Les joueurs prennent le contrôle de jusqu'à trois des quatre personnages : Dutch, Linn, The Alien vs. Predator (エイリアンVSプレデター) et un guerrier Predator, et combattent les Aliens à travers sept étapes. Après avoir détruit la ruche des Aliens, les personnages découvrent que la présence des Aliens sur Terre est le résultat d'un projet de guerre biologique dirigé par le général renégat Bush travaillant pour la société. Ils montent à bord du navire militaire de Bush alors qu'il décolle, tuent la reine extraterrestre après l'avoir tué et programment le navire pour qu'il s'écrase sur San Drad, déclenchant une énorme explosion qui élimine toute vie extraterrestre sur Terre. Le guerrier Predator donne ensuite ses lames de poignet à Dutch et Linn en reconnaissance de leurs compétences de guerriers, avant que les Predators ne repartent dans l'espace. Linn demande aux prédateurs pourquoi ils ont choisi de les aider, et la réponse vague des prédateurs contre les extraterrestres la fait se demander, ainsi qu'à Dutch, s'ils devront les combattre la prochaine fois qu'ils reviendront sur Terre.
